Använda slumpmässiga permutationer för att bedöma assortativitet

I den här övningen undersöker du hur sannolik den observerade assortativiteten i vänskapsnätverket är, givet knotpunkternas kön, genom att utföra en slumpmässig permutationsprocedur. Du slumpar om könet för knotpunkterna i nätverket 1 000 gånger och beräknar assortativiteten för varje slumpmässigt nätverk.

Den här övningen är en del av kursen

Nätverksanalys i R

Visa kurs

Övningsinstruktioner

Använd assortativity() för att beräkna assortativiteten för grafobjektet g1 baserat på kön med hjälp av objektet values som beräknades i föregående övning, och tilldela resultatet till objektet observed.assortativity.
Beräkna inuti for-loopen assortativiteten för nätverket g1 med assortativity(), och slumpa om objektet values varje gång med sample().
Rita fördelningen av assortativitetsvärden från permutationsproceduren med hist(), och lägg till en röd vertikal linje för det ursprungliga observerade assortativitetsvärdet för nätverket g1, som lagras i observed.assortativity.

Interaktiv övning med praktiskt arbete

Testa den här övningen genom att slutföra den här exempelkoden.

# Calculate the observed assortativity
observed.assortativity <- ___(g1, values)

# Calculate the assortativity of the network randomizing the gender attribute 1000 times
results <- vector('list', 1000)
for(i in 1:1000){
  results[[i]] <- ___(g1, sample(___))
}

# Plot the distribution of assortativity values and add a red vertical line at the original observed value
___(unlist(results))
abline(v = ___, col = "red", lty = 3, lwd=2)

Redigera och kör kod