Złączenie z brakującymi wartościami
Do twojej sesji R zostały wczytane dwie nowe data.table: heart i cardio. Każda z nich zawiera zestaw sond mikromacierzowych, które w dwóch oddzielnych badaniach* okazały się być powiązane z chorobą serca. Każda sonda mierzy poziom ekspresji danego genu. Gen może być mierzony przez jedną lub więcej sond, a niektóre sondy nie mają żadnej przypisanej adnotacji genowej w referencyjnej sekwencji ludzkiego genomu. W obu badaniach zastosowano różne platformy mikromacierzowe, które używają różnych sond do pomiaru tych samych genów. Twoim celem jest znalezienie genów, których powiązania z chorobą serca potwierdziły się w obu badaniach.
* Uwaga: powiązania są generowane losowo i nie odzwierciedlają żadnych prawdziwych wyników biologicznych ani rzeczywistych zbiorów danych.
To ćwiczenie jest częścią kursu
Łączenie danych z data.table w R
Instrukcje do ćwiczenia
- Używając funkcji
merge(), wykonaj złączenie wewnętrzne (inner join) tabelicardioz tabeląheart, podając odpowiedni argument, aby ominąć ewentualne błędy. - Usuń z obu
data.tablesondy bez adnotacji genowej (czyli wiersze z brakującymi wartościami w kolumniegene). - Powtórz złączenie wewnętrzne na nowych
data.table, aby uzyskaćdata.tablezawierającą powtarzalne powiązania między genami a chorobą serca.
Interaktywne ćwiczenie praktyczne
Spróbuj tego ćwiczenia, uzupełniając ten przykładowy kod.
# Try an inner join
___
# Filter missing values
heart_2 <- ___
cardio_2 <- ___
# Inner join the filtered data.tables
___