名前に込められた意味は？

S3 では厳格な命名規則を用います。すべての S3 メソッドは generic.class という形式の名前になります。

逆は成り立ちません。ドットを含む名前でも、S3 メソッドではない関数があります。これは S 言語の初期からある多くの関数に当てはまります。たとえば、all.equal()（docs）は実際にはメソッドではなく S3 のジェネリックです。（これは leopard.case が紛らわしい例です。）

関数が S3 のジェネリックかどうかは、pryr パッケージの is_s3_generic()（docs）を呼び出して確認できます。コンソールで関数名をそのまま入力して中身を表示し、UseMethod() を呼んでいるかどうかを確認する方法もあります。

同様に、関数が S3 メソッドかどうかは、pryr の is_s3_method()（docs）で確認できます。例えば、

library(pryr)
is_s3_generic("t")           # 転置のジェネリック関数
is_s3_method("t.data.frame") # data.frame 用の転置メソッド
is_s3_method("t.test")       # スチューデントの t 検定用の関数

どの記述が正しいでしょうか？

1. is.complex()（docs）は、complex オブジェクトに作用する is ジェネリックのメソッドである。
2. seq.Date()（docs）は、Date オブジェクトに作用する seq ジェネリックのメソッドである。
3. is.na.data.frame()（docs）は、data.frame オブジェクトに作用する is.na ジェネリックのメソッドである。
4. sort()（docs）はジェネリック関数である。
5. order()（docs）はジェネリック関数である。