La struttura dei file .mat in Python

Qui scoprirai cosa contiene il dizionario di MATLAB che hai caricato nell'esercizio precedente.

Il file 'albeck_gene_expression.mat' è già caricato nella variabile mat. Le seguenti librerie sono già state importate come segue:

import scipy.io
import matplotlib.pyplot as plt
import numpy as np

Anche in questo caso, il file contiene dati di espressione genica dal laboratorio Albeck della UCDavis.

Questo esercizio fa parte del corso

Introduzione all'importazione dei dati in Python

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Istruzioni dell'esercizio

Usa il metodo .keys() sul dizionario mat per stampare le chiavi. La maggior parte di queste chiavi (in effetti, quelle che NON iniziano e finiscono con '__') sono variabili dell'ambiente MATLAB corrispondente.
Stampa il tipo del valore corrispondente alla chiave 'CYratioCyt' in mat. Ricorda che mat['CYratioCyt'] accede al valore.
Stampa la forma (shape) del valore corrispondente alla chiave 'CYratioCyt' usando la funzione shape() di numpy.
Esegui l'intero script per vedere alcuni dati di espressione genica oscillatori!

Esercizio pratico interattivo

Prova a risolvere questo esercizio completando il codice di esempio.

# Print the keys of the MATLAB dictionary
print(____)

# Print the type of the value corresponding to the key 'CYratioCyt'


# Print the shape of the value corresponding to the key 'CYratioCyt'


# Subset the array and plot it
data = mat['CYratioCyt'][25, 5:]
fig = plt.figure()
plt.plot(data)
plt.xlabel('time (min.)')
plt.ylabel('normalized fluorescence (measure of expression)')
plt.show()

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