Joindre avec des valeurs manquantes
Deux nouveaux data.tables ont été chargés dans votre session R : heart et cardio. Chacun contient un ensemble de sondes de microréseau que vous avez trouvées associées à des maladies du cœur dans deux études distinctes*. Chaque sonde mesure le niveau d'expression d'un gène. Chaque gène peut être mesuré par une ou plusieurs sondes, et certaines sondes n'ont aucune annotation génique connue dans la séquence de référence du génome humain. Les deux études ont utilisé des plateformes de microréseau différentes qui emploient des sondes distinctes pour mesurer chaque gène. Votre objectif est de trouver quels gènes présentent des associations reproductibles avec les maladies du cœur dans les deux études.
* Remarque : les associations sont générées aléatoirement et ne représentent aucune découverte biologique réelle ni aucun jeu de données réel.
Cette activité fait partie du cours
Jointure de données avec data.table en R
Instructions de l’exercice
- À l'aide de la fonction
merge(), effectuez une jointure interne decardioavechearten utilisant l'argument approprié pour contourner toute erreur rencontrée. - Retirez des deux
data.tablesles sondes sans annotation génique (c.-à-d. supprimez les lignes dont la colonnegenecontient des valeurs manquantes). - Répétez la jointure interne avec les nouveaux
data.tablespour obtenir undata.tableprésentant les associations reproductibles entre les gènes et les maladies du cœur.
Exercice interactif pratique
Essayez cet exercice en complétant ce code d’exemple.
# Try an inner join
___
# Filter missing values
heart_2 <- ___
cardio_2 <- ___
# Inner join the filtered data.tables
___