1. Učit se
    2. /
  2. Kurzy
    3. /
  3. Analýza sítí v R
Connected

cvičení

Vizualizace důležitých vrcholů a hran

Jedním z problémů datasetu spalniček je, že u tří jedinců není známo, kdo je nakazil. Jeden z nich (vrchol 184) je zřejmě zodpovědný za šíření nemoci k mnoha dalším jedincům, přestože sám přímo nenakazil příliš mnoho lidí. Protože ale vrchol 184 nemá v síti žádnou příchozí hranu, vychází mu nízká hodnota betweenness centrality. Jedním ze způsobů, jak prozkoumat důležitost tohoto vrcholu, je vizualizovat geodetické vzdálenosti spojení vycházejících od tohoto jedince. V tomto cvičení vytvoříš graf těchto vzdáleností od nultého pacienta.

Pokyny

100 XP
  • Pomocí make_ego_graph() vytvoř podmnožinu naší sítě složenou z vrcholů propojených s vrcholem 184. Prvním argumentem je původní graf g. Druhým argumentem je maximální počet spojení, přes která musí být vrchol propojen s námi sledovaným vrcholem. Zde můžeš použít diameter(), která vrátí délku nejdelší cesty v síti. Třetím argumentem je náš vrchol zájmu, tedy 184. Posledním argumentem je mode – v tomto případě zahrň všechna spojení bez ohledu na jejich směr.
  • Vytvoř objekt dists obsahující geodetickou vzdálenost každého vrcholu od vrcholu 184. K výpočtu použij funkci distances().
  • Přiřaď každému vrcholu atribut color. Barva se vybere podle geodetické vzdálenosti daného vrcholu. Barevná paleta colors má délku rovnou maximální geodetické vzdálenosti plus jedna – vrcholy se stejnou vzdáleností tak budou vykresleny stejnou barvou a nultý pacient bude mít také vlastní barvu.
  • Pomocí plot() vizualizuj síť g184. Popisky vrcholů by měly odpovídat geodetickým vzdálenostem dists.