Joina med saknade värden
Två nya data.table-objekt har laddats in i din R-session: heart och cardio. Varje tabell innehåller en uppsättning mikroarrayprober som du har funnit vara associerade med hjärtsjukdom i två separata studier*. Varje prob mäter expressionsnivåerna för en gen. Varje gen kan mätas av en eller flera prober, och vissa prober saknar känd genannotering i människans genomreferenssekvens. De två studierna har använt olika mikroarrayplattformar med olika prober för att mäta varje gen. Ditt mål är att ta reda på vilka gener som uppvisade reproducerbara associationer med hjärtsjukdom i båda studierna.
* Obs! Associationerna är slumpmässigt genererade och representerar inte något verkligt biologiskt fynd eller verklig datamängd.
Den här övningen är en del av kursen
Att sammanfoga data med data.table i R
Övningsinstruktioner
- Använd funktionen
merge()för att utföra en inner join avcardiotillheartmed lämpligt argument för att kringgå eventuella fel som uppstår. - Ta bort proberna utan genannotering från båda
data.table-objekten (dvs. ta bort rader med saknade värden i kolumnengene). - Upprepa inner join med de nya
data.table-objekten för att få ettdata.tablemed reproducerbara associationer mellan gener och hjärtsjukdom.
Interaktiv övning med praktiskt arbete
Testa den här övningen genom att slutföra den här exempelkoden.
# Try an inner join
___
# Filter missing values
heart_2 <- ___
cardio_2 <- ___
# Inner join the filtered data.tables
___