Strukturen hos .mat-filer i Python

Här får du utforska innehållet i det MATLAB-lexikon som du laddade in i föregående övning.

Filen 'albeck_gene_expression.mat' är redan inläst i variabeln mat. Följande bibliotek har redan importerats enligt nedan:

import scipy.io
import matplotlib.pyplot as plt
import numpy as np

Den här filen innehåller genuttrycksdata från Albeck Lab vid UCDavis.

Den här övningen är en del av kursen

Introduktion till dataimport i Python

Visa kurs

Övningsinstruktioner

Använd metoden .keys() på lexikonet mat för att skriva ut nycklarna. De flesta av dessa nycklar – närmare bestämt de som inte börjar och slutar med '__' – är variabler från den ursprungliga MATLAB-miljön.
Skriv ut typen för värdet som motsvarar nyckeln 'CYratioCyt' i mat. Kom ihåg att mat['CYratioCyt'] ger åtkomst till värdet.
Skriv ut formen (shape) för värdet som motsvarar nyckeln 'CYratioCyt' med hjälp av numpy-funktionen shape().
Kör hela skriptet för att se oscillerande genuttrycksdata!

Interaktiv övning med praktiskt arbete

Testa den här övningen genom att slutföra den här exempelkoden.

# Print the keys of the MATLAB dictionary
print(____)

# Print the type of the value corresponding to the key 'CYratioCyt'


# Print the shape of the value corresponding to the key 'CYratioCyt'


# Subset the array and plot it
data = mat['CYratioCyt'][25, 5:]
fig = plt.figure()
plt.plot(data)
plt.xlabel('time (min.)')
plt.ylabel('normalized fluorescence (measure of expression)')
plt.show()

Redigera och kör kod