Визуализация важных вершин и рёбер

В наборе данных о кори есть одна особенность: для трёх человек неизвестно, кто именно заразил их. Один из них — вершина 184 — по всей видимости, стал источником распространения болезни для многих других, хотя напрямую заразил сравнительно немногих. Поскольку у вершины 184 нет входящих рёбер, её посредническая центральность (betweenness) кажется низкой. Чтобы лучше понять роль этой вершины, можно визуализировать геодезические расстояния от неё до остальных вершин сети. В этом упражнении вы построите такой график для данного «нулевого пациента».

Это упражнение является частью курса

Анализ сетей в R

Посмотреть курс

Инструкции к упражнению

С помощью make_ego_graph() создайте подграф нашей сети, включающий вершины, связанные с вершиной 184. Первый аргумент — исходный граф g. Второй аргумент — максимальное число связей, через которое любая вершина должна быть соединена с интересующей нас вершиной. Здесь можно использовать diameter(), чтобы получить длину наидлиннейшего пути в сети. Третий аргумент — интересующая нас вершина, то есть 184. Последний аргумент — режим: в данном случае включите все связи независимо от направления.
Создайте объект dists, содержащий геодезическое расстояние от вершины 184 до каждой другой вершины. Для вычисления используйте функцию distances().
Назначьте каждой вершине атрибут color. Цвет выбирается в зависимости от геодезического расстояния. Цветовая палитра colors имеет длину, равную максимальному геодезическому расстоянию плюс единица — это позволяет отображать вершины одинакового расстояния одним цветом, а «нулевому пациенту» присвоить собственный цвет.
Используйте plot() для визуализации сети g184. В качестве подписей вершин укажите геодезические расстояния dists.

Интерактивное практическое упражнение

Попробуйте выполнить это упражнение, дополнив этот пример кода.

# Make an ego graph
g184 <- ___(g, ___(g), nodes = '184', mode = c("all"))[[1]]

# Get a vector of geodesic distances of all vertices from vertex 184 
dists <- ___(g184, "184")

# Create a color palette of length equal to the maximal geodesic distance plus one.
colors <- c("black", "red", "orange", "blue", "dodgerblue", "cyan")

# Set color attribute to vertices of network g184.
V(___)$color <- colors[dists+1]

# Visualize the network based on geodesic distance from vertex 184 (patient zero).
___(___, 
     vertex.label = ___, 
     vertex.label.color = "white",
     vertex.label.cex = .6,
     edge.color = 'black',
     vertex.size = 7,
     edge.arrow.size = .05,
     main = "Geodesic Distances from Patient Zero"
     )

Редактировать и запускать код