Структура файла .mat в Python

В этом упражнении вы изучите содержимое словаря MATLAB, загруженного в предыдущем упражнении.

Файл 'albeck_gene_expression.mat' уже загружен в переменную mat. Следующие библиотеки уже импортированы:

import scipy.io
import matplotlib.pyplot as plt
import numpy as np

Как и прежде, этот файл содержит данные об экспрессии генов из лаборатории Albeck при Университете Калифорнии в Дэвисе.

Это упражнение является частью курса

Введение в импорт данных в Python

Посмотреть курс

Инструкции к упражнению

Используйте метод .keys() на словаре mat, чтобы вывести его ключи. Большинство из них (а именно те, которые НЕ начинаются и не заканчиваются на '__') — это переменные из соответствующей среды MATLAB.
Выведите тип значения, соответствующего ключу 'CYratioCyt' в словаре mat. Напомним, что обращение mat['CYratioCyt'] позволяет получить это значение.
Выведите форму значения, соответствующего ключу 'CYratioCyt', с помощью функции shape() из библиотеки numpy.
Запустите весь скрипт, чтобы увидеть данные об осцилляторной экспрессии генов!

Интерактивное практическое упражнение

Попробуйте выполнить это упражнение, дополнив этот пример кода.

# Print the keys of the MATLAB dictionary
print(____)

# Print the type of the value corresponding to the key 'CYratioCyt'


# Print the shape of the value corresponding to the key 'CYratioCyt'


# Subset the array and plot it
data = mat['CYratioCyt'][25, 5:]
fig = plt.figure()
plt.plot(data)
plt.xlabel('time (min.)')
plt.ylabel('normalized fluorescence (measure of expression)')
plt.show()

Редактировать и запускать код