Join s chybějícími hodnotami
Do tvého R sezení byly načteny dvě nové data.table: heart a cardio. Každá obsahuje sadu mikročipových sond, které jsi v rámci dvou samostatných studií identifikoval/a jako asociované se srdečním onemocněním*. Každá sonda měří úroveň exprese určitého genu. Gen může být měřen jednou nebo více sondami a některé sondy nemají žádnou známou genovou anotaci v referenční sekvenci lidského genomu. Obě studie využívaly různé mikročipové platformy s odlišnými sondami pro měření jednotlivých genů. Tvým cílem je zjistit, které geny vykazovaly reprodukovatelné asociace se srdečním onemocněním v obou studiích.
* Poznámka: asociace jsou generovány náhodně a nepředstavují žádný skutečný biologický nález ani reálný dataset.
Toto cvičení je součástí kurzu
Joining Data with data.table in R
Pokyny k cvičení
- Pomocí funkce
merge()proveď inner join tabulkycardiok tabulcehearts odpovídajícím argumentem, který potlačí případné chyby. - Z obou
data.tableodstraň sondy bez genové anotace (tj. řádky s chybějícími hodnotami ve sloupcigene). - Zopakuj inner join s novými
data.tablea získejdata.tablereprodukovatelných asociací mezi geny a srdečním onemocněním.
Interaktivní cvičení na vyzkoušení si v praxi
Vyzkoušejte si toto cvičení dokončením tohoto ukázkového kódu.
# Try an inner join
___
# Filter missing values
heart_2 <- ___
cardio_2 <- ___
# Inner join the filtered data.tables
___