Cấu trúc của .mat trong Python
Trong bài này, bạn sẽ khám phá những gì có trong MATLAB dictionary mà bạn đã nạp ở bài trước.
Tệp 'albeck_gene_expression.mat' đã được nạp sẵn
vào biến mat. Các thư viện sau cũng đã được
import như sau:
import scipy.io
import matplotlib.pyplot as plt
import numpy as np
Tệp này một lần nữa chứa dữ liệu biểu hiện gene từ Phòng thí nghiệm Albeck tại UCDavis.
Bài tập này là một phần của khóa học
Nhập dữ liệu vào Python: Giới thiệu
Hướng dẫn bài tập
- Dùng phương thức
.keys()trên dictionarymatđể in ra các khóa. Hầu hết các khóa này (thực ra là những khóa KHÔNG bắt đầu và kết thúc bằng '__') là các biến từ môi trường MATLAB tương ứng. - In kiểu dữ liệu của giá trị tương ứng với khóa
'CYratioCyt'trongmat. Nhớ rằngmat['CYratioCyt']sẽ truy cập giá trị đó. - In kích thước (shape) của giá trị tương ứng với khóa
'CYratioCyt'bằng hàmshape()củanumpy. - Chạy toàn bộ script để xem dữ liệu biểu hiện gene dao động!
Bài tập tương tác thực hành trực tiếp
Hãy thử làm bài tập này bằng cách hoàn thành đoạn mã mẫu này.
# Print the keys of the MATLAB dictionary
print(____)
# Print the type of the value corresponding to the key 'CYratioCyt'
# Print the shape of the value corresponding to the key 'CYratioCyt'
# Subset the array and plot it
data = mat['CYratioCyt'][25, 5:]
fig = plt.figure()
plt.plot(data)
plt.xlabel('time (min.)')
plt.ylabel('normalized fluorescence (measure of expression)')
plt.show()