การ join เมื่อมีค่าขาดหายไป
data.table สองตัวถูกโหลดเข้าสู่เซสชัน R ของคุณแล้ว ได้แก่ heart และ cardio แต่ละตัวประกอบด้วยชุดโพรบไมโครอาร์เรย์ ที่พบว่ามีความเชื่อมโยงกับโรคหัวใจจากการศึกษาสองชิ้นที่แยกกัน* โพรบแต่ละตัวใช้วัดระดับการแสดงออกของยีน โดยยีนหนึ่งตัวอาจถูกวัดด้วยโพรบหนึ่งตัวหรือมากกว่านั้น และโพรบบางตัวไม่มีข้อมูลอ้างอิงยีนที่รู้จักในลำดับอ้างอิงจีโนมมนุษย์ การศึกษาทั้งสองใช้แพลตฟอร์มไมโครอาร์เรย์ที่แตกต่างกันซึ่งใช้โพรบต่างกันในการวัดยีนแต่ละตัว เป้าหมายคือค้นหาว่ายีนใดมีความเชื่อมโยงกับโรคหัวใจที่ได้ผลซ้ำกันในการศึกษาทั้งสองชิ้น
* หมายเหตุ: ความเชื่อมโยงเหล่านี้สร้างขึ้นแบบสุ่ม ไม่ได้สะท้อนผลการค้นพบทางชีววิทยาจริงหรือชุดข้อมูลจริงแต่อย่างใด
แบบฝึกหัดนี้เป็นส่วนหนึ่งของหลักสูตร
การ Join ข้อมูลด้วย data.table ใน R
คำแนะนำการฝึกหัด
- ใช้ฟังก์ชัน
merge()เพื่อ inner joincardioเข้ากับheartโดยใส่อาร์กิวเมนต์ที่เหมาะสมเพื่อข้ามข้อผิดพลาดที่อาจเกิดขึ้น - ลบโพรบที่ไม่มีข้อมูลอ้างอิงยีนออกจาก
data.tableทั้งสองตัว (กล่าวคือ ลบแถวที่มีค่าขาดหายไปในคอลัมน์gene) - ทำ inner join ซ้ำกับ
data.tableชุดใหม่ เพื่อให้ได้data.tableของความเชื่อมโยงที่ได้ผลซ้ำกันระหว่างยีนและโรคหัวใจ
แบบฝึกหัดเชิงโต้ตอบแบบลงมือทำ
ลองทำแบบฝึกหัดนี้โดยเติมโค้ดตัวอย่างนี้ให้สมบูรณ์
# Try an inner join
___
# Filter missing values
heart_2 <- ___
cardio_2 <- ___
# Inner join the filtered data.tables
___