Joinen en duplicaten filteren
Er is nog een data.table in je R-sessie geladen, framingham, met 35 genen en hun associaties met hartziekte uit een open-accessstudie door Joehanes R. et al., gepubliceerd in 2013. Je doel is om de resultaten van deze studie te vergelijken met de resultaten uit elk van je eigen studies. De data.tables cardio_2 en heart_2, gefilterd op ontbrekende waarden maar nog steeds met meerdere probes per gen, zijn in je R-sessie geladen. De data.table met reproduceerbare associaties die je in de vorige oefening hebt gemaakt, reproducible, is ook in je R-sessie geladen.
Deze oefening maakt deel uit van de cursus
Data samenvoegen met data.table in R
Oefeninstructies
- Gebruik de
data.table-syntaxis omframinghamrechts te joinen metheart_2, waarbij je de eerste probe per gen inheart_2neemt. - Voer een anti-join uit van
framinghammetreproducibleom te zien of je genen hebt gevonden die niet eerder een associatie met hartziekte lieten zien.
Praktische interactieve oefening
Probeer deze oefening eens door deze voorbeeldcode in te vullen.
# Right join taking the first match
___
# Anti-join
___