Aan de slagBegin gratis

Plotten met nxviz

Nu ga je oefenen met het maken van een circos-plot met nxviz! Als bonus en vooruitblik op de volgende video zit er in deze oefening een klein stukje over het bipartite-trefwoord.

Hier is de graad-centraliteitsscore van elk knooppunt al voor je toegevoegd aan hun metadata-woordenboek met de volgende code:

# Voeg de graad-centraliteitsscore van elk knooppunt toe aan hun metadata-woordenboek
dcs = nx.degree_centrality(G)
for n in G.nodes():
    G.nodes[n]['centrality'] = dcs[n]

Wil je je geheugen opfrissen over graad-centraliteit? Bekijk dan de relevante video uit de vorige cursus — het is een manier om het belang van een knooppunt te berekenen!

nxviz is al voor je geïmporteerd als nv, samen met NetworkX (als nx) en matplotlib.pyplot (als plt).

Deze oefening maakt deel uit van de cursus

Gemiddelde netwerkanalyse in Python

Bekijk cursus

Oefeninstructies

  • Plot het netwerk G met een circos-plot. Doe dit als volgt:
    • Maak een circos-plot met de naam c met de functie nv.circos(). Je moet de parameters graph en de keyword-argumenten node_color_by en group_by opgeven om knooppunten te kleuren en te groeperen op het trefwoord bipartite, en het argument sort_by om de knooppunten te ordenen op centrality.
    • Om te zorgen dat de knooppunten zichtbaar zijn wanneer ze worden weergegeven, hebben we het argument node_enc_kwargs={'radius': 10} toegevoegd.
    • Teken c op het scherm.

Interactieve oefening met praktijkervaring

Probeer deze oefening door deze voorbeeldcode aan te vullen.

# Create the CircosPlot object: c
c = nv._____(___, _____, _____, node_enc_kwargs={'radius': 10})

# Display the plot
____
Code bewerken en uitvoeren