L’erreur du bootstrap

Vous travaillez comme programmeur R dans un laboratoire clinique. La statisticienne du labo mène une analyse à grande échelle pour établir les intervalles des poids moyens de différentes espèces de souris. Elle a écrit une fonction, bootstrap(), qui est appliquée à chaque élément de weight_list en parallèle via un backend futures. Cependant, le code renvoie l’erreur suivante :

Error in checkForRemoteErrors(val) : 
  one node produced an error: missing values and NaN's not allowed if 'na.rm' is FALSE

Elle n’arrive pas à identifier l’élément de weight_list qui provoque l’erreur. Elle perd aussi tous les résultats de ce calcul coûteux en temps. On vous a demandé de corriger le code. Le package furrr a été chargé pour vous et multisession a été planifié pour les futures.

Cet exercice fait partie du cours

Programmation parallèle en R

Afficher le cours

Instructions

Fournissez, entre les accolades, le code d’une fonction capable d’intercepter l’erreur.
Pour l’argument error, fournissez une fonction qui prend un argument, e, et renvoie la chaîne "Error here!".
Appliquez bootstrap() à tous les éléments de weight_list en utilisant une fonction de furrr.

Exercice interactif pratique

Essayez cet exercice en complétant cet exemple de code.

bootstrap <- function (x) {
  # Supply code to a function for catching errors
       ___({est <- rep(0, 1e3)
            for (i in 1:1e3) {
              b <- sample(x, replace = T)
              est[i] <- mean(b)
              }
    return(quantile(est, c(0.25, 0.75)))
     # Supply a function that returns a string
  }, error = ___
 )
}
# Map bootstrap() to every element of weight_list
___(___, ___)
plan(sequential)

Modifier et exécuter le code