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Options des blocs de code R

Vous avez découvert certaines options des blocs de code R dans la vidéo. Les blocs peuvent également être nommés. Cela est utile dans de longs documents, notamment pour localiser plus facilement une erreur dans un bloc lors du tricotage du document dans RStudio. Certains blocs de votre rapport ont été nommés pour vous montrer ce principe. Les options d’un bloc sont ajoutées après le nom du bloc, séparées par une virgule, comme ceci : {r name, option = value}

Parmi les options les plus utilisées figurent celles qui contrôlent l’affichage des résultats. Par défaut, tout est affiché dans les documents RMarkdown : messages, avertissements et erreurs. En spécifiant des options comme echo = FALSE, vous pouvez, par exemple, masquer l’affichage du code R lui‑même, tout en laissant le code s’exécuter. Reportez-vous à la vidéo pour d’autres options d’affichage.

N’oubliez pas de séparer le nom du bloc et ses options par une virgule, afin d’éviter un plantage de votre session.

Cet exercice fait partie du cours

Communiquer avec les données dans le tidyverse

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Instructions

  • À la ligne 14, supprimez les messages dans le premier bloc de code R avec l’option message, afin que la sortie parfois générée lors du chargement des packages ne soit pas affichée.
  • À la ligne 64, le bloc defining_a_theme enrichit votre rapport avec un graphique personnalisé, mais le code derrière n’est pas essentiel pour vos lecteurs.
    • Masquez tout le code, tout en laissant R l’exécuter malgré tout (si vous ne vous souvenez plus de l’option, revoyez la vidéo).

Exercice interactif pratique

Essayez cet exercice en complétant cet exemple de code.

{"my_document.Rmd":"---\ntitle: \"The reduction in weekly working hours in Europe\" \nsubtitle: \"Looking at the development between 1996 and 2006\"\nauthor: \"Insert your name here\"\noutput: html_document\n---\n\n## Summary \n\nThe **International Labour Organization (ILO)** has many [data sets](http://www.ilo.org/global/statistics-and-databases/lang--en/index.htm) on working conditions. For example, one can look at how weekly working hours have been decreasing in many countries of the world, while monetary compensation has risen. In this report, *the reduction in weekly working hours* in European countries is analysed, and a comparison between 1996 and 2006 is made. All analysed countries have seen a decrease in weekly working hours since 1996 – some more than others.\n\n## Preparations \n\n```{r loading_packages}\nlibrary(dplyr)\nlibrary(ggplot2)\nlibrary(forcats)\n```\n\n## Analysis\n\n### Data\n\nThe herein used data can be found in the [statistics database of the ILO](http://www.ilo.org/ilostat/faces/wcnav_defaultSelection;ILOSTATCOOKIE=ZOm2Lqrr-OIuzxNGn2_08bNe9AmHQ1kUA6FydqyZJeIudFLb2Yz5!1845546174?_afrLoop=32158017365146&_afrWindowMode=0&_afrWindowId=null#!%40%40%3F_afrWindowId%3Dnull%26_afrLoop%3D32158017365146%26_afrWindowMode%3D0%26_adf.ctrl-state%3D4cwaylvi8_4). For the purpose of this course, it has been slightly preprocessed.\n\n```{r loading_data}\nload(url(\"http://s3.amazonaws.com/assets.datacamp.com/production/course_5807/datasets/ilo_data.RData\"))\n```\n\n```{r generating_summary_statistics}\n# Some summary statistics\nilo_data %>%\n  group_by(year) %>%\n  summarize(mean_hourly_compensation = mean(hourly_compensation),\n            mean_working_hours = mean(working_hours))\n```\n\nAs can be seen from the above table, the average weekly working hours of European countries have been descreasing since 1980.\n\n### Preprocessing\n\nThe data is now filtered so it only contains the years 1996 and 2006 – a good time range for comparison. \n\n```{r}\nilo_data <- ilo_data %>%\n  filter(year == \"1996\" | year == \"2006\")\n  \n# Reorder country factor levels\nilo_data <- ilo_data %>%\n  # Arrange data frame first, so last is always 2006\n  arrange(year) %>%\n  # Use the fct_reorder function inside mutate to reorder countries by working hours in 2006\n  mutate(country = fct_reorder(country,\n                               working_hours,\n                               last))\n```  \n\n### Results\n\nIn the following, a plot that shows the reduction of weekly working hours from 1996 to 2006 in each country is produced.\n\nFirst, a custom theme is defined.\n\n```{r defining_a_theme}\n# Better to define your own function than to always type the same stuff\ntheme_ilo <- function(){\n  theme_minimal() +\n  theme(\n    text = element_text(family = \"Bookman\", color = \"gray25\"),\n    plot.subtitle = element_text(size = 12),\n    plot.caption = element_text(color = \"gray30\"),\n    plot.background = element_rect(fill = \"gray95\"),\n    plot.margin = unit(c(5, 10, 5, 10), units = \"mm\")\n  )\n}\n```  \n\nThen, the plot is produced. \n\n```{r}\n# Compute temporary data set for optimal label placement\nmedian_working_hours <- ilo_data %>%\n  group_by(country) %>%\n  summarize(median_working_hours_per_country = median(working_hours)) %>%\n  ungroup()\n\n# Have a look at the structure of this data set\nstr(median_working_hours)\n\n# Plot\nggplot(ilo_data) +\n  geom_path(aes(x = working_hours, y = country),\n            arrow = arrow(length = unit(1.5, \"mm\"), type = \"closed\")) +\n  # Add labels for values (both 1996 and 2006)\n  geom_text(\n        aes(x = working_hours,\n            y = country,\n            label = round(working_hours, 1),\n            hjust = ifelse(year == \"2006\", 1.4, -0.4)\n          ),\n        # Change the appearance of the text\n        size = 3,\n        family = \"Bookman\",\n        color = \"gray25\"\n   ) +\n  # Add labels for country\n  geom_text(data = median_working_hours,\n            aes(y = country,\n                x = median_working_hours_per_country,\n                label = country),\n            vjust = 2,\n            family = \"Bookman\",\n            color = \"gray25\") +\n  # Add titles\n  labs(\n    title = \"People work less in 2006 compared to 1996\",\n    subtitle = \"Working hours in European countries, development since 1996\",\n    caption = \"Data source: ILO, 2017\"\n  ) +\n  # Apply your theme \n  theme_ilo() +\n  # Remove axes and grids\n  theme(\n    axis.ticks = element_blank(),\n    axis.title = element_blank(),\n    axis.text = element_blank(),\n    panel.grid = element_blank(),\n    # Also, let's reduce the font size of the subtitle\n    plot.subtitle = element_text(size = 9)\n  ) +\n  # Reset coordinate system\n  coord_cartesian(xlim = c(25, 41))\n```\n\n\n"}
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