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Tracer avec nxviz

Vous allez maintenant vous exercer à créer un tracé circos avec nxviz ! En prime, pour annoncer la prochaine vidéo, cet exercice contient un petit segment sur le mot-clé bipartite.

Ici, la mesure de centralité de degré de chaque nœud a été ajoutée à son dictionnaire de métadonnées pour vous, à l'aide du code suivant :

# Ajouter la centralité de degré de chaque nœud à son dictionnaire de métadonnées
dcs = nx.degree_centrality(G)
for n in G.nodes():
    G.nodes[n]['centrality'] = dcs[n]

Si vous souhaitez réviser la centralité de degré, consultez la vidéo pertinente du cours précédent — c'est une façon de calculer l'importance d'un nœud !

nxviz a été préimporté pour vous sous le nom nv, de même que NetworkX (sous nx) et matplotlib.pyplot (sous plt).

Cette activité fait partie du cours

Analyse de réseaux intermédiaire en Python

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Instructions de l’exercice

  • Tracez le réseau G à l'aide d'un tracé circos. Pour ce faire :
    • Créez un tracé circos nommé c avec la fonction nv.circos(). Vous devez préciser les paramètres graph ainsi que les arguments nommés node_color_by et group_by pour colorer et regrouper les nœuds selon leur mot-clé bipartite, et l'argument sort_by pour ordonner les nœuds selon centrality.
    • Pour vous assurer que les nœuds sont visibles à l'affichage, nous avons inclus l'argument node_enc_kwargs={'radius': 10}.
    • Affichez c à l'écran.

Exercice interactif pratique

Essayez cet exercice en complétant ce code d’exemple.

# Create the CircosPlot object: c
c = nv._____(___, _____, _____, node_enc_kwargs={'radius': 10})

# Display the plot
____
Modifier et exécuter le code