1. Learn
    2. /
  2. Курси
    3. /
  3. Вступ до Bioconductor в R
Connected

Вправа

Дослідження файлу fastq

Файли fastq зазвичай містять тисячі або мільйони рідів і можуть бути дуже великими! У цій вправі ви використаєте невеликий піднабір fastq із 500 рідів, який легко вміщується в пам'ять і може бути повністю прочитаний за допомогою функції readFastq().

Початковий файл послідовностей походить з Arabidopsis thaliana, наданий UC Davis Genome Center. Номер доступу — SRR1971253, його завантажено з архіву Sequence Read Archive (SRA). Він містить ДНК із листкових тканин, об'єднаних у пул і секвенованих на Illumina HiSeq 2000. Це одиночні ріди довжиною 50 пар основ (bp).

fqsample — це об'єкт ShortReadQ, що містить інформацію про ріди, показники якості та ідентифікатори. Тепер ваша черга його дослідити!

Інструкції 1/3

undefined XP
    1
    2
    3
  • Завантажте пакет ShortRead і виведіть fqsample, щоб переглянути його.