1. Learn
    2. /
  2. Курси
    3. /
  3. Вступ до Bioconductor в R
Connected

Вправа

Ще трохи фільтрування!

Чудово! Тепер, коли ви попрактикувалися у фільтруванні рідів, скористаймося функцією polynFilter(). Вона відбирає ріди, що містять менше за задану кількість повторюваних нуклеотидів. Наприклад, polynFilter(threshold = 20, nuc = c("A")) вибере всі ріди, у яких менше ніж 20 A. Параметр nuc — це символьний вектор із IUPAC-символами нуклеотидів або значення "other" для всіх не-нуклеотидних символів.

Об'єкт fqsample доступний у вашому робочому середовищі.

Інструкції 1/3

undefined XP
    1
    2
    3
  • Витягніть послідовності з об'єкта ShortRead fqsample, використавши відповідну функцію.
  • Створіть фільтр під назвою myFil, використовуючи polynFilter з такими параметрами:
    • threshold 3 нуклеотиди.
    • Символьний вектор nuc, що дорівнює "A".
  • Перевірте щойно створений фільтр, вивівши його в консоль.