1. Learn
    2. /
  2. Cursuri
    3. /
  3. Вступ до Bioconductor в R
Connected

Exercițiu

Фільтрування рідів на льоту!

А що, як із усіх рідів у файлі вас цікавлять лише деякі? Використайте фільтр!

Припустімо, вас цікавлять тільки ті ріди, що починаються з шаблону "ATGCA". Невелика функція фільтрування легко з цим впорається, використовуючи функцію srFilter():

myStartFilter <- srFilter(function(x) substr(sread(x), 1, 5) == "ATGCA")

Ця функція, яку вже створено для вас, приймає на вхід об'єкт, успадкований від ShortRead, і повертає ріди, що починаються з шаблону "ATGCA". Давайте застосуємо її на практиці!

Instrucțiuni 1/2

undefined XP
    1
    2
  • Перевірте клас об'єкта fqsample.
  • Застосуйте фільтр myStartFilter() до fqsample і збережіть результат у selectedReads.
  • Перевірте клас об'єкта selectedReads.