1. Learn
    2. /
  2. Курси
    3. /
  3. Аналіз диференційної експресії з limma в R
Connected

Вправа

Візуалізуйте пакетні ефекти

В експерименті з нюховими стовбуровими клітинами було 7 обробок, по 4 реплікати кожна, разом 28 зразків. Однак ці 28 зразків опрацьовували в 4 окремих пакетах (batch). Ефект обробок цікавий з біологічної точки зору, а ефект пакетів є технічним шумом. Використайте зменшення розмірності, щоб визначити, який із цих двох ефектів мав більший вплив на дані експресії генів.

Інструкції

100 XP

Об'єкт ExpressionSet eset з даними нюхових стовбурових клітин завантажено у ваш робочий простір.

  • Використайте plotMDS, щоб побудувати графік головних компонент. Позначте зразки за отриманою обробкою та встановіть gene.selection у значення "common".

  • Повторно візуалізуйте головні компоненти, позначивши зразки за їхнім пакетом (batch).