1. Learn
    2. /
  2. Курси
    3. /
  3. Аналіз диференційної експресії з limma в R
Connected

Вправа

Нормалізація

Сирі дані експресії генів зазвичай «шумні», зокрема тому, що багато генів не матимуть значення для системи, яку ви досліджуєте. Після отримання нового набору даних першим кроком є візуалізація даних і виконання необхідних кроків попереднього опрацювання.

Інструкції

100 XP

Об'єкт ExpressionSet eset_raw із сирими даними Populus завантажено у ваш робочий простір.

  • Використайте plotDensities, щоб візуалізувати розподіл рівнів експресії генів для кожної вибірки. Вимкніть легенду.

  • Застосуйте лог-перетворення до вимірювань і повторно візуалізуйте.

  • Виконайте квантильну нормалізацію вимірювань за допомогою normalizeBetweenArrays і знову візуалізуйте.