1. Learn
    2. /
  2. Курси
    3. /
  3. Аналіз диференційної експресії з limma в R
Connected

Вправа

Матриця контрастів для факторного плану 2×2

У факторному плані 2×2 можна сформувати багато контрастів. Потрібно перевірити відмінності між типами дерева для кожної з водних умов, відмінності у відповіді на посуху для кожного з типів дерева, а також відмінності у відповіді на посуху між двома типами дерева (традиційно це називають ефектом взаємодії).

Інструкції

100 XP

Об'єкт ExpressionSet eset з даними Populus та матриця дизайну, яку ви щойно створили (design), вже завантажені у ваш робочий простір.

  • Створіть type_drought, щоб перевірити вплив типу дерева (NM6 проти DN34) за умови посухи.

  • Створіть water_dn34, щоб перевірити вплив посухи для дерев DN34.

  • Створіть член взаємодії, щоб перевірити відмінності у відповіді на посуху між двома типами дерева (підказка: порівняйте water_nm6 і water_dn34).