1. Learn
    2. /
  2. Курси
    3. /
  3. Аналіз диференційної експресії з limma в R
Connected

Вправа

Перевірка диференційної експресії

Тепер, коли ви визначили матрицю дизайну та матрицю контрастів, ви можете перевірити наявність диференційної експресії, зумовленої лікуванням доксорубіцином, у двох типів мишей.

Інструкції

100 XP

Об'єкт ExpressionSet eset з даними про доксорубіцин, матриця дизайну design і матриця контрастів cm уже завантажені у ваш робочий простір. Пакет limma також завантажено.

  • Підберіть коефіцієнти моделі за допомогою lmFit.

  • Застосуйте контрасти за допомогою contrasts.fit.

  • Обчисліть t-статистики за допомогою eBayes.

  • Підсумуйте результати за допомогою decideTests і vennDiagram.