1. Learn
    2. /
  2. Курси
    3. /
  3. Аналіз диференційної експресії з limma в R
Connected

Вправа

Попередня обробка ознак

У відеовправі ви бачили, що розподіли вибірок для дослідження доксорубіцину мали сильну правосторонню асиметрію. Тож першим кроком потрібно виконати попередню обробку ознак: лог-перетворення, нормалізацію та фільтрацію.

Інструкції

100 XP

Об'єкт ExpressionSet eset_raw із сирими даними вже завантажено у ваш робочий простір. Пакет limma завантажено.

  • Застосуйте лог-перетворення до вимірювань. Скористайтеся plotDensities для візуалізації. Підпишіть зразки за їхнім генотипом.

  • Виконайте квантильну нормалізацію вимірювань за допомогою normalizeBetweenArrays і перевізуалізуйте.

  • Скористайтеся rowMeans, щоб визначити, у яких генів середній рівень експресії більший за 0.

  • Відфільтруйте гени (тобто рядки) за логічним вектором keep і знову виконайте візуалізацію.