1. Learn
    2. /
  2. Курси
    3. /
  3. Аналіз диференційної експресії з limma в R
Connected

Вправа

Збагачення шляхів

Щоб краще зрозуміти вплив диференційно експресованих генів у дослідженні доксорубіцину, ви перевірите збагачення відомих біологічних шляхів, зібраних у базі даних KEGG. Які шляхи KEGG є надмірно представленими серед диференційно експресованих генів для контрастів «dox_wt» та «interaction»?

Інструкції

100 XP

Підігнаний об'єкт моделі fit2 уже завантажено у ваш робочий простір. Пакет limma теж завантажено.

  • Вилучіть entrez Gene IDs з датафрейму fit2$genes.

  • Перевірте збагачення шляхів KEGG за допомогою kegga для контрасту "dox_wt". Вкажіть вид "Mm" для Mus musculus.

  • Перегляньте топ-5 збагачених шляхів KEGG за допомогою topKEGG.

  • Повторіть аналіз збагачення шляхів для контрасту "interaction".