survreg() で生存曲線を推定する
この演習では、GBSG2 データに含まれる乳がん患者の生存を Weibull モデルで推定します。
Weibull 分布には 2 つのパラメータがあり、生存曲線の形状を決めます。
この演習では、survival パッケージと GBSG2 データはあらかじめ読み込まれています。
この演習はコースの一部です
Rで学ぶサバイバル分析
演習の手順
- 乳がん患者に対して Weibull モデルを推定します。
type = "quantile"を指定してpredict()関数を用い、モデルから推定生存曲線を計算します。- 時点と対応する生存確率を含む
data.frameを作成します。 head()関数で結果の先頭数行を確認します。
実践的なインタラクティブ演習
このサンプルコードを完成させて、この演習に挑戦してみましょう。
# Weibull model
wb <- ___(___(___, ___) ~ ___, data = ___)
# Retrieve survival curve from model probabilities
surv <- seq(.99, .01, by = -.01)
# Get time for each probability
t <- predict(___, type = ___, p = ___, newdata = data.frame(1))
# Create data frame with the information
surv_wb <- data.frame(time = ___, surv = ___)
# Look at first few lines of the result
head(___)