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演習

Python における .mat の構造

ここでは、前の演習で読み込んだ MATLAB の 辞書オブジェクトに何が入っているかを確認します。

ファイル 'albeck_gene_expression.mat' はすでに 変数 mat に読み込まれています。次のライブラリも 以下のようにインポート済みです。

import scipy.io
import matplotlib.pyplot as plt
import numpy as np

このファイルには、UCDavis の Albeck 研究室による遺伝子発現データが含まれています。

指示

100 XP
  • 辞書 mat に対してメソッド .keys() を使い、キーを表示してください。これらのキーの多く（実際には先頭と末尾が '__' でないもの）は、対応する MATLAB 環境の変数です。
  • mat のキー 'CYratioCyt' に対応する値の型を表示してください。mat['CYratioCyt'] でその値にアクセスします。
  • numpy の関数 shape() を使って、キー 'CYratioCyt' に対応する値の形状を表示してください。
  • スクリプト全体を実行して、遺伝子発現の振動的なパターンを確認しましょう。