Python における .mat ファイルの構造
この演習では、前の演習で読み込んだ MATLAB の辞書の中身を確認しましょう。
ファイル 'albeck_gene_expression.mat' はすでに変数 mat に読み込まれています。また、以下のライブラリもインポート済みです。
import scipy.io
import matplotlib.pyplot as plt
import numpy as np
このファイルには、カリフォルニア大学デイビス校のアルベック研究室による遺伝子発現データが含まれています。
この演習はコースの一部です
Python でのデータインポート入門
演習の手順
- メソッド
.keys()を辞書matに使用してキーを表示します。これらのキーのうち、先頭と末尾が'__'で囲まれていない（NOT）ものは、対応する MATLAB 環境の変数です。 mat内のキー'CYratioCyt'に対応する値の型を表示します。値へのアクセスにはmat['CYratioCyt']を使います。numpyのshape()関数を使って、キー'CYratioCyt'に対応する値の形状（shape）を表示します。- スクリプト全体を実行して、遺伝子発現の振動データを確認しましょう。
実践的なインタラクティブ演習
このサンプルコードを完成させて、この演習に挑戦してみましょう。
# Print the keys of the MATLAB dictionary
print(____)
# Print the type of the value corresponding to the key 'CYratioCyt'
# Print the shape of the value corresponding to the key 'CYratioCyt'
# Subset the array and plot it
data = mat['CYratioCyt'][25, 5:]
fig = plt.figure()
plt.plot(data)
plt.xlabel('time (min.)')
plt.ylabel('normalized fluorescence (measure of expression)')
plt.show()