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  3. R による階層モデルと混合効果モデル
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演習

毒性学データ

ある毒性学者は、化学物質への曝露によって、用量が増えると死亡率も上がるかどうかを調べています。彼女は試験生物をさまざまな用量の化学物質に曝露し、各水槽で死亡した個体数を記録しました。各用量は3日間、別々の日に繰り返しています。

まず、GLM を作成します。シンプルなモデルから始めるとデバッグが容易です。後で GLMER の結果と比較もします。このモデルでは dose と replicate を固定効果として含めます。

次に、GLMER を作成します。ここでは dose は固定効果、replicate はランダム効果の切片とします。

最後に、各モデルで coef() を使って係数推定値を確認します。モデルによって切片の推定値の表示方法が異なる点に注目してください。

指示1 / 3

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  • glm() を使って、dose と replicate の関数として mortality を予測するモデル glm_out を作成します。replicate - 1 を用いて、レプリケート群ごとの切片を推定します。
  • coef() でモデルの係数推定値を確認します。