NHANES データセットの作成
NHANES のウェブサイトからダウンロードした場合、NHANES のデータセットは SAS のネイティブ形式である .XPT ファイルとして個別に提供されています。幸い、haven パッケージが使えます。
ここでは、生の .XPT 形式で提供されている NHANES の Demographics、Medical Conditions、Body Measures の各データセットを、変数 DEMO_file、MCQ_file、BMX_file を通じて読み込み、結合します。3つのデータセットを SEQN 変数で結合してください。これには Reduce() を使うのが便利です。Reduce() は要素を順に組み合わせるのに役立ちます。
用意された結合コードは次のことを行います。
- 3つのデータセット（
nhanes_demo、nhanes_medical、nhanes_bodymeasures）のリストを作成します。 Reduce()の中でカスタム関数を使い、"SEQN"変数で3つのデータセットを内部結合（inner join）します。- その結果を
nhanes_combinedデータセットとして保存します。
この演習はコースの一部です
Rで学ぶ実験計画法
演習の手順
havenパッケージを読み込みます。read_xpt()を3回それぞれ呼び出して3つのデータファイルを読み込みます。各呼び出しの入力はDEMO_file、MCQ_file、BMX_fileとし、結果をそれぞれnhanes_demo、nhanes_medical、nhanes_bodymeasuresというデータセット名で保存します。- 提供されたコードを使って、読み込んだ3つのデータセットを結合し、
nhanes_combinedを作成します。
実践的なインタラクティブ演習
このサンプルコードを完成させて、この演習に挑戦してみましょう。
# Load haven
___
# Import the three datasets using read_xpt()
nhanes_demo <- read_xpt(DEMO_file)
___
___
# Merge the 3 datasets you just created to create nhanes_combined
nhanes_combined <- list(nhanes_demo, nhanes_medical, nhanes_bodymeasures) %>%
Reduce(function(df1, df2) inner_join(df1, df2, by = "SEQN"), .)