La structure de .mat en Python

Ici, vous découvrirez le contenu du dictionnaire MATLAB que vous avez chargé dans l'exercice précédent.

Le fichier 'albeck_gene_expression.mat' est déjà chargé dans la variable mat. Les bibliothèques suivantes ont déjà été importées comme suit :

import scipy.io
import matplotlib.pyplot as plt
import numpy as np

Une fois de plus, ce fichier contient des données d'expression génique provenant du laboratoire Albeck de l'UCDavis.

Cet exercice fait partie du cours

Introduction à l'importation de données en Python

Afficher le cours

Instructions

Utilisez la méthode .keys() sur le dictionnaire mat pour afficher les clés. La plupart de ces clés (en fait, celles qui NE commencent NI NE terminent par « __ ») sont des variables de l'environnement MATLAB correspondant.
Affichez le type de la valeur correspondant à la clé 'CYratioCyt' dans mat. Rappelez-vous que mat['CYratioCyt'] accède à la valeur.
Affichez la forme de la valeur correspondant à la clé 'CYratioCyt' à l'aide de la fonction numpy shape() .
Exécutez l'ensemble du script pour obtenir des données d'expression génique oscillantes !

Exercice interactif pratique

Essayez cet exercice en complétant cet exemple de code.

# Print the keys of the MATLAB dictionary
print(____)

# Print the type of the value corresponding to the key 'CYratioCyt'


# Print the shape of the value corresponding to the key 'CYratioCyt'


# Subset the array and plot it
data = mat['CYratioCyt'][25, 5:]
fig = plt.figure()
plt.plot(data)
plt.xlabel('time (min.)')
plt.ylabel('normalized fluorescence (measure of expression)')
plt.show()

Modifier et exécuter le code